Revised 29 September 2007 16:30
There appears to be a couple of NUMTs, in Chromosome 2 & 22, which contain the whole of the D-loop without significant ""insertions"".
But the D-loops in Chromosome 1 & 10 do show ""insertions"" with SINEs (short interspersed elements)
1st. line = 15726-15791 tRNA-Pro
2nd. line = 15792-363 D-loop
3rd. line = 364-430 tRNA-Phe
NC_006853 Bos taurus
{{TCAAGGAAGAAACTGCAGTCTCACCATCAACCCCCAAAGCTGAAGTTCTATTTAAACTATTCCCTG}}
{{AACACTATTAATATAGTTCCATAAATACAAAGAGCCTTATCAGTATTAAATTTATCAAAAATCCCAATAACTCAACACAGAATTTGCACCCTAACCAAATATTACAAACACCACTAGCTAACATAACACGCCCATACACAGACCACAGAATGAATTACCTACGCAAGGGGTAATGTACATAACATTAATGTAATAAAGACATAATATGTATATAGTACATTAAATTATATGCCCCATGCATATAAGCAAGCACATGACCTCTATAGCAGTACATAATACATATAATTATTGACTGTACATAATACATTATGTCAAATTCATTCTTGATAGTATATCTATTATATATTCCTTACCATTAGATCACGAGCTTAATTACCATGCCGCGTGAAACCAGCAACCCGCTAGGCAGGGATCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATAAACCGTGGGGGTCGCTATCCAATGAATTTTACCAGGCATCTGGTTCTTTCTTCAGGGCCATCTCATCTAAAACGGTCCATTCTTTCCTCTTAAA TAAGACATCTCGATGGACTAATGGCTAATCAGCCCATGCTCACACATAACTGTGCTGTCATACATTTGGTATTTTTTTATTTTGG GGGATGCTTGGACTCAGCTATGGCCGTCAAAGGCCCTGACCCGGAGCATCTATTGTAGCTGGACTTAACTGCATCTTGAGCACCAGCATAATGATAAGCATGGACATTACAGTCAATGGTCACAGGACATAAATTATATTATATATCCCCCCTTCATAAAAATTTCCCCCTTAAATATCTACCACCACTTTTAACAGACTTTTCCCTAGATACTTATTTAAATTTTTCACGCTTTCAATACTCAATTTAGCACTCCAAACAAAGTCAATATATAAACGCAGGCCCCCCCCCCCC}}
{{GTTGATGTAGCTTAACCCAAAGCAAGGCACTGAAAATGCCTAGATGAGTCTCCCAACTCCATAAACA}}
EF035448 Cervus unicolor
{{TCAAGGAAGAAGCCATAGCCCCACTATCAACACCCAAAGCTGAAGTTCTATTTAAACTATTCCCTG}}
{{ATGCTTATTAATATAGTTCCATAAAAATCAAGAACCTTATCAGTATTAAATTTCCAAAAAATTTTAATATTTCAATACAGCTTTCTACTCAACATCCAATTTACATTTTACATCCCACTAACTAAACAACATAACATGTGACAGTATAACCTCGCGCACTCGCAGTACGTAAAATTAGTGTGTTAAGACATATTATATATAATAGTACATAAAATTAATGTATTAGGACATATCATGTATAATAGTACATAAAATTAATGTATTAGGACATATCATGTATAATAGTACATAAAATTAATGTATTAGGACATATTATGTATAATAGTACATTATATTATATGCCCCATGCTTATAAGCATGTATTTTCTGTCATTTACAGTACATAGTACATGATGTTGTTCATCGTACATAGTGCATTAAGTCAAATCAATCCTCGTCAACATGCGTATCCCGTCCGCTAGATCACGAGCTTAATCACCATGCCGCGTGAAACCAGCAACCCGCTGGGCAGGGATCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATGAATTGTGGGGGTAGCTACTTAATGAACTTTATCAGACATCTGGTTCTTTTTTCAGGGCCATCTCACCTAAAATCGCCCACTCCTTGTAGTATAAGACATCTCGATGGACTAATGACTAATCAGCCCATGCTCACACATAACTGTGGTGTCATACATTTGGTATTTTTAATTTTTGGG GGGATGCTTGGACTCAGCAATGGCCGTCTGAGGCCCCGTCCCGGAGCATGAATTGTAGCTGGACTTAACTGCATCTTGAGCATCCCCATAATGGTAGGCATGGGCATTGCAGTCAATGGTCACAGGACATAGTCATTATTTCATGAGTCAACCCTAAGACCTATATTTCCCCCCCCTCCATTAATTTTTCCCCCTTATATAGTTATCACCATTTTTAACACACTTTTCCCTAGATATTATTTCAAATTTATCACATTTCCAATACTCAAATTAGCACTCCAGGGGGAGGTAAGTATATAAGCGCCAATTTTTCCCTAATTATGCATA}}
{{GTTGATGTAGCTTAAACAGCAAAGCAAGGCACTGAAAATGCCTAGATGAGTATATTAACTCCATAAACA}}
NW_001494553.1|Bt2_WGA201_3:1542267-1543340 Bos taurus chromosome 2
{{TCAAGGAAGAAGCTATAGCCCCACTATCAACACCCAAAGCTGAAGTTCTATTTAAACTAGTCCCAG}}
{{AAACACTATTAATATAGCCCCACAAACACCAAGAATCTCATTAGTATTAAATTTTCCAAAACCTTCAATAACCTAACACAAAGTTTGCACTTCACAACCACATATGTTATAGTCCTGCTACCATTAATAGTACGTACGTATTTTCATGCATGTTAGTGCATGAAACACTACTTTGCACATGGGTACATACATAATATTAATGTAATAGTACATAAGTATGTATATAGTACATAATGTTATATGCCCCATGTGTATAAGCAAGTACATTCTATTATTAATAGTACATAGTACATGTAGTCATTGATAGTGCATAGTGCATTAAGTCAAATCCATCCTTGTCAACATGCGTATCCTGCTCCTTAGATCACGAGCTTGATCACCATGCCACATGAAACCAGGAACCCGTTAGGCAGGAATCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCGATGATTGTGGGGGTCGCTATTTAGTGAACTTTGTCAGACATCTGGTTCTTTCTTCAGGGCCATCTCATCTGGAATCGCCCATTCTTTCCCCTTAAA TAAGACATCTTGATGGACTAATGGCTAATCAGCCCATGCTCACACATAACTGTGATATCATGGATTTTTTAATTTTAATTTTTATTTTTTTGGGATGCTTGGACTCAGCTATGGCCATCTGAGGCCCTGACCCGGAGCATGTATTGTAGCTGGACTTAACTGCATCTTGAGCATCACTGTAATGGTAGGCACGAGCATCACAGTCAATGGTCACAGGACATAAACATTACATTACACACATCAACCATTTCCCTTCATCCATTCTCCTCCCCACTTAAATATCACCACCATTTTTAACACGCTCCGCCTAGATACTTATTTAAATTCATTGCACTTTCAATACTCAAAATTAGCACTCCAAATAAAGTAAGTACATAAGTGCCTGGGTCCGCCCCATGATGCGTA}}
{{GTTAATGTAGCTTAAATGCTAAAGCAAGGCACTGAAAATGCCTAGATGAGTGTATCAACTTCATAAACA}}
NW_001494121.1|Bt22_WGA2429_3:c874975-873864 Bos taurus chromosome 22
{{TCTAGGAAGAAGTTCCAGCTCCACCATCAGCACCCAAAGCTGAAATTCTACCTAGAGTATACCCTG}}
{{ACATTTCGTTATGGGACATTACGACATTATTAAGTACCTGTGAGTATTAAAATCACCTCTTTTTAGCATAAACTATGTACTGTGCATATATGCACTATGACATGAAGATGTACATACATAATATATATATGTGTTATAACATTCATTATTTACCCCATGTTTATAAGCATGCACATTATCTTATTGACAGCACGTAGCACATATTACTAGTCATGTGTAGCACATTAAATCAAATCAATTTTAGTCAACACGAACATCATATCCAATAGATTGCAAACTTAATCAGCAAGCTGTGTGAGACCACCAGTCTGCTTGGCGGCTGTCCCTCTTCTCTCTGCAGGCCCATGACTTGTGGGCGTTTCTGCTCAGACATCTCACCTCACTTCAGGGCCATCTCACCTAAAACTGCCCACGTCTTTCCACTTAAA TAAGACATCTTGATGGACTAAAATAGCGCATGCTCACACATAACTGTGATTTCAATTTTTTAA GGGATGCTGTGACTCAGTTGTGGCCTTAACACAGTCAAATAAATTGTAACTGGATTTTAATTGAATATTATTTATCAAAAGGTGTCATTCAGTCAACGAGTTCAGGACATAAGGAAATTAGACACACACTCTACATGTACATGCAGCGAACAAGTACATGGCCTGTTAACAACCCCCCTTAACCACCCCCATGCTAAAGCCCATGCTCTAAGTAACCCTGCCAAAACAAGGCAAAAACATATAAATACATAGAATTAGCTGTCTACTCAACATGAGTAACTTAATGCTCAAAGTTAGATAGGCCTAGAAAATAAACCCCAATCATACCAATAAACTACGTAGATGTTTGCCATCTATATAGACAGACATTTCCCTAGATCTATTGACCATTGTCATGAAAATTGTATCAACAAATCCAACAGAAACCACATAAAACAACTATATATATGTTATTTCACTATGTAAAAACAGCTT}}
{{GTTAATGTAGCTTAAAATCTAAAGCAAGGCATTGAAAATGCCCAGATGAATTTGCCAACTCCATGAACA}}
NW_001494477.1|Bt28_WGA2785_3:c1284040-1283541 Bos taurus chromosome 28
{{TCAAGGAAGAAGCTCAAAGCTCCACCTTCAGTTCCCAAAGCTGAAATTCTACTTAAACGATTCACTG}}
{{AAAAATTTGCTATGGGACATTAACACTGTCTTTAAGTACTGTGTAAGTATTTTAAAAATGACATAAAAACTGACATTACTATGTACTTTGTGCATTACATGCCTCCCCACATCCGTAAGTACAATGCATATCCTTTATCATAACACATAATCATATCAGTTTGGTTCAGTCACTCAGTCATGTCCAAGTCTTTGTGACCCCAAGGACTGCAGCACACCAGGCTCCCTGTCCATAACCAACTCCCAGAGCTTGCTCAAACTCATGTCCAATGAGTCAGTGATGCCATCCAACCATCTCATCCTCTGTTGTCCCCTTCTCCTCCTGCCTCCAGTCTTTCCCAGCATCAGGGTCCTTTCCAATGCCTCGGTTCTTTGTATCAGGCAGAAAAAGTACTGGAGCTTCATCATCAGTCCTTCCAATGAATATTTAGGAC
NW_001508778.1|BtX_WGA2966_3:67095-67756 Bos taurus chromosome X
{{TCAAGGAAGAAGCTATAGCCCCACTATCAACACCCAAAGCTGAAGTTCTATTTAAACTATTTCCTG}}
{{AAACACTATTAGTATAACCCCACAAATACCAAGAATCACATTAGTATTAAAATTTCCAAAACCTTCAACAACCCAACACAAATTTCGCACTTCACAGCCACACATGTTATAGTCCTGCTACCATTAATAGTACGTACATATTTTCATGCAAGTTAGTGCATGAAATGCCACTTTGCACATGAGCAGGTACATAATATTAATGTAATAGCACATAACTATACATATAGTACATTATATTATATGCCCCATTAGTATAAGCAAGTGCACTCTACTATTAATAGTACATGGTACATATAGTCATTGATCATACATAGCACGTTAAGTCAAATCAGTCCTTGTCAGCATGCGTATCCTGCCTCCTAGATCACGAGCTTGGTCACCACGCCGCGTGAAACCAGCAACCTGCTTGGCAGGGATCCCTCTTCTTGCTCCGTTCCATGAATTGTGGGGGTCGCTATT TAATGAACTTTATCAGACATCTGGTTCTTTCTTCAGGGCCATCTCACCTAGAATAGCCCGTTCTTTCCCCTAAAATAAGACATCTCTATGGACTAATGGCTAATCAGCCCATGCTCACACATAACTGTGATGTCATG
NW_001493748.1|Bt1_WGA132_3:660312-662053 Bos taurus chromosome 1 Has 4 large insertions
{{TCAAGGAAGAGGCTAAAGCCCCACCATTAACACCCAAAGCTGAAATTCTACTTAAGCTAGTCCATG}}
{{AAAATTTTTTTTATTATAATACATTTAAATACTATGTTAGTATTAAAATTATTCAGTTATTTAAAAATTCCTTCTATTACTTCATGCATATCTGCATGTCCACATACCCATGACTCTTTGTGACCCCATGAAGCCTACCAGGCTTCTCTGTCCATGGGATTTTCCAGGCAAGAGTACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAGGGGCTCTTCCTGACCCAGGGATCGAACCCTGGTTTCCCACATTGCAGGCAGACACTTTACCCTCTGAATCACCAGGGAA GCCCAATATATATGCTACTAGTATGTAATATGTATAATTGTATATTAATTTATTTAGCCCAAGCAATAAG CATGTGTGTGTGTGTGTTAAGTTGCTTCAGTCATGTCTGACTCTTTGTGACCATATGGACTATGGCCCAC CAGGCTCCTCTCTCCATGGGATTTTCCAGGCAAGCCTACTGGAGAAGGTTGCCATTTCCTTCTCCATATA AGCATGTATGTAACATTATTAATATCACATGGTACATATAATTATTGACCATACATAGTACATTACATCAGATAAGTCCTTGTCAACATACATCCTGTCCATTAGATCATGAGCTAAGTCACCAAACCTCATGAAACCAC CAACCTGCACGGCAGGTACACCTCTTCTCACTCTGGGCACATAACTTGTGAGGATTTCTATTGACAGAAC TTTATCAGACATCTGTTTCTTCAGGACCATCTTACCAAAAATCGCCCACTTGTTCCTTTTAAGTAAGACCTCTTGATGGACTCATGAGGTTCACACAACTGTGGTGTCCCACATTTGGTATTTTTAAATTTGGGGGAATG CCTGGACTCAGTTATGGTTATCTGAGGCCCTAACCTGGTACATTTGACTATACCTGGACTTAACTGAACA CTAACTATCGTCCTGGGTGTTCTTTGGAAGGAATGACGCTAAAGCTGAAACTCCAATACTTTGGCCAGCTCATGCAAAGAGTTGACTCATTGGAAAAGACTCTGATGCTGGGAGGGATTGGGGGCAAGAGGAGAAGGGGA CGCCAGAGGATGAGATGGCTGGATGGCATCACCGACTCGATGGACATGAGTTTGGGTGAACTCCGGGAGTTGGTGATGGACAGGGAGGCCTGGTGTGCTGCGATTCATGGGGTTGCAAAGAGTTGGACATGACTGAGCAACTGAACTAAACTGAACAGCTTTGAACAGATTTTATGTGGACATTAGTTTTCAAACATTAGTTTGAGTGAA CTCCGGGAGTTGGTGATGGACAGGGAGGCCTGGCGTGCTGCGATTCATGGGGTCGCAAAGAGTCGGACAC GACTGAGTGACTGAACTGAACTGAACTGAACTATCAGCATAATGAGAAGCAGGTAATTTTGTCAATGGAATCAGGACATAATATTATTTCATATACTAAATGATACTCCATTATTTTCCTTTATCTCCCCCTGCCTTAGA TATTCACAACCTGCATGGACAAGCATCCCCCTCGATCCACAAACCAATTTATCAAAACCTTAAAACTAGA TACAAGAAGAATTACTCAAAATATTTATATAAGTATTTTCACAGCTGTTCAGTAACATAGACTGCTAAT}}
{{GTTGCTTAAATACTAAAGCAAGGCACTGAAAATGCCTAGATGAGTATATCAACTCCATAAACA}}
NW_001492818.1|Bt10_WGA1326_3:236836-238901 Bos taurus chromosome 10 Has 2 large ""insertions""
{{TCAAGGAAGAAGCTCCAGCTCCACCATCAGCACCTAAAGCTGAAATTCTATTTAAACTAGTCCCTG}}
{{AAGATTTATTATGGGATATTTACAAGAATTTACATTTACTAAGTGCCATCTCAGTGTTAAAATAACCTCTTTTTACCATAAATTACTGTGTACTTCGTGCATAACATGTATTACCACATTAATAAATACAAATACATATTATACATAATATACAGCATGTATAATTATTTGTTATTTACCCCATCTTATAAGCATGCACATGAACCTACTGATAGTACATA
""ATCAGATCAGATCAGATGCTCAGTCGTGTCCGACTCTTTGCGACCCCATGGACTGCACGCCAGGCCTCCCTGTCCATCACCAACTCCCTGAGTTCACTCAGACTCACGTCCATCTAGTGAGTGATGCCATCCA ACCATCTCATCCTCTGTCGTCCCCTTCTCCTCCTGCCCCCAATCCCTCCAAGCATCAGAGTCTTTTCCAATGAGTCAACTCTTCACATGAGGTGGCCAAAGTACTGGAGTTTCAGCTTTAGCATCATTCCTTCCAAAGAAATCCAGGGCTGATCTCCTTCAGAATGGACTGGTTGAATCTCCTTGCAGTCCAAGGGACTCGCAAGAGTTCTCCAACACCAGAGTTCAAAAGCATCAATTCTTCACCACTCAGCCTTCTTCACAGTCCAACTCTCATATCCATACATGACTACAGGAAAAACCATAGCCTTGACTAGATGAACCTTTGTTGGCAAAGTAATGTCTCTGCTT TTCAATATGCTATCTAGGTTGGTCATAACTTTCCTTCCAAGGAGCAAGCGTCTTTTAATTTCATGGCTGCAGTCACCATCTGTAGTGATTTTGGAGCCCAGAAAAATAAAGTCTGACACTGTTTCCACTGT""
AATACACTATACATAAATTCATTATTTACTCCATGCTTAAAAGCATATGTGTTATACTATTATTACATGGTATGTATTATTGGTTGTACATAGTACATTAAGTCAAATCAATTCTAGTCAACATGTGCATCATATCCAATAGATCACAACTTTAATCAGCAAATCACATGAAACCATAAACCCCTCTTGGCTGGCATCCCTCCTCTTGTTCCAGGCCAATAACCTGGGGTGGTTTCTATTAATGTCTGAACTTCATCAGACATCTGGTTCTTCGGGACCTAAAATGACCTGCCCTTTCCTCTTAAATAAGACATCTTGCTGGACTAACGACTAATCAGCCATGCTCACACATAACTTGGGTTTCATGCATTTGGTATATTTTTAATTTTTAAAGGCATGCTGT
""AAGTTGCTGTATAACACAGGGAGCCCAGCCTGGTGCTCTGTGATGACCCAGAAGGGTGGAATGGGGGGTGGTGGGGAGGGAGGTGATACACATATAATTATGGCTGATTTGCACTGTTGTACAGGAGAAACCAACATAACACTGTAAAGCAATTTTCCCCCAATTAAAAATAAATGACAAAAAAAAAAAA""
CCCATAAAGGGATGCTGTGACTCAGTTATGGCCATCTGAGGCCTTAACACAGTCAAATAAACTGAATGTTAATTGAATATTATTGAATATTATTTACCAACGTCAACCATAAGGTG TTACTCAGTCAATGGTTATAAAACAAGGAAATTACACGCACGTACGTACATGTATGGACTGAACAGGTAAATGACCTATTTAACAAACCCCCCTCACTCCCCACTAAATCCTATACTCTACATGTCCTTAATGCCCTGTCAAACCCCCACAACAGGGCAGAAACATATAAATACATAGAATTTAATCTATCCAACAATGTAATGTGTAAAATAAAATAGACCTAGAAAATAAGCATTAATCATACGAAAGAATTACTTAGATATTTACCATTTATATAGACAGATATCTCCCAAGATCAACCATTTTAATAAAAATTTTAATACTAAATTTAGCATAAATCACACAAAACATTATATACATGTTACTTCATTATATAAACACAATTTGTCAAT}}
{{GTAGCTTAAAACCTAAAGCAAGGCACT GAAAATGCCTAGATAAGTTTATCAATTCCATAAATA}}